Genetische Variation ist der Unterschied in der DNA zwischen verschiedenen Individuen oder Populationen einer Art bzw. der Prozess der Entstehung dieses Unterschieds. Bei diesem Vorgang entstehen neue Varianten eines Gens, sogenannte Allele. Die Gesamtheit aller Allele in einer Population wird als Genpool bezeichnet. Die dauerhafte Veränderung der chemischen Struktur eines oder mehrerer Gene wird als Mutation bezeichnet.
Eine genetische Variation ist oft erkennbar an einer veränderten Erscheinungsform (Phänotyp) eines Lebewesens. Umgekehrt lässt sich aus einem veränderten Phänotyp nicht schließen, dass eine genetische Variation die Ursache ist. Denn die gleiche Erbanlage kann bei unterschiedlichen Umwelteinflüssen zu verschiedenen Phänotypen führen (Modifikation; Polyphänismus). Zudem können unterschiedliche epigenetische Prägungen, die in manchen Fällen sogar über mehrere Generationen weitergegeben werden, eine mögliche Ursache eines veränderten Phänotyps sein.
Die genetische Variation führt innerhalb der Population zunächst zum Polymorphismus. Im Laufe der Evolution ändert sich die Häufigkeit, mit der bestimmte Allele in einer Population auftreten. Die neue Genvariante kann sich durch Selektion oder durch Zufall über kurz oder lang durchsetzen oder wieder verschwinden, oder es stellt sich ein Hardy-Weinberg-Gleichgewicht ein, in dem der Polymorphismus theoretisch für immer bestehen bleibt. So lange der Polymorphismus besteht, ist die genetische Vielfalt bzw. genetische Diversität erhöht und damit die Biodiversität.
Die Fähigkeit zur genetischen Variation, die Genetische Variabilität, spielt eine entscheidende Rolle bei der Entstehung und Fortentwicklung von Arten im Zuge der Evolution.